AlhóndigaBilbao está administrada por nueve consejeros y consejeras y presidida por D. Iñaki Azkuna, Alcalde de Bilbao. La composición del Consejo de Administración es la siguiente:
Presidente
D. Iñaki Azkuna
Vicepresidente
D. José Luis Sabas Olabarría
Consejera Delegada
Dña. Mª Angeles Egaña (nombramiento de Junta de Gobierno)
Consejeros
D. Andoni Aldekoa (nombramiento de Junta de Gobierno)
D. Alfonso Gil (PSE-EE)
Dña. Yolanda Cuadra (PP)
D. Pablo Ángel Ruiz de Gordejuela (nombramiento de Junta de Gobierno)
D. Carlos Urgoiti (nombramiento de Junta de Gobierno)
D. Luis Egia (BILDU)
Secretaria no consejera
Dña. Olatz Fernández
